Sceneとアプリケーションのそれぞれにwidthとheightを指定することで画面サイズを指定できます。

const SCREEN_WIDTH = 640;
const SCREEN_HEIGHT = 480;

phina.define('MainScene', {
  superClass: 'CanvasScene',
  init: function() {
    this.superInit({
      width: SCREEN_WIDTH,
      height: SCREEN_HEIGHT,
    });
  },
});

phina.main(function() {
  
  var app = GameApp({
    width: SCREEN_WIDTH,
    height: SCREEN_HEIGHT,
    startLabel: 'main',
  });

  app.run();
});